Die Vorlesung gehört zum Grundkanon des Bioinformatikstudiums (6. Fachsemester) und behandelt grundlegende algorithmische Ansätze der Bioinformatik. Die Vorlesung rundet die beiden einführenden Veranstaltungen Algorithmische Bioinformatik I und II ab und vertieft sowohl diskrete als auch probabilistische Modelle und zugehörige Algorithmen anhand von aktuellen Bioinformatikproblemen. Grundlegende Techniken des Algorithmenentwurfs, der Algorithmik, der Graphentheorie, der mathematischer Optimierung und Datenanalyse, sowie probabilistische Modelle und maschinelles Lernen werden eingeführt und auf Bioinformatikprobleme angewendet. Die Vorlesung ist der dritte Teil eines dreisemestrigen Zyklus, Teil I konzentriert sich auf diskrete und kombinatorische Techniken, Teil II auf probabilistische Verfahren, Teil III auf speziellere Methoden der kombinatorischen Optimierung und Graphalgorithmen sowie aktuelle Bioinformatikprobleme. Themenbereiche sind im SS 2010 insbesondere "Graphen, Netze und Netzwerke". Dabei wird eine Einführung in Graphtheorie und -algorithmen, Petrinetze und Bayes'sche Netzwerke gegeben. Spezielle Netzwerke und Netzwerkeigenschaften (scale-free nets, network modules) werden anhand molekularer (metabolische und regulatorische) Netzwerke diskutiert. Anwendungen in der Bioinformatik reichen von Netzwerk-Datenbanken und -Libraries über Techniken zur Netzwerk-Modellierung und -Inferenz, bis hin zu speziellen Bioinformatik- Analyseverfahren und Tools zur Visualisierung und Simulation biomolekularer Netzwerke.
