Algorithmische Bioinformatik IAlgorithmic Bioinformatics I

Aktuelle Hinweise

(21.04.2020) Die Anmeldung zur Vorlesung ist beendet.
(21.04.2020) Alle angemeldeten Studierenden sollten eine Anmeldung zur entsprechenden Mailing-Liste bekommen haben. Bitte checken Sie Ihren Spam-Ordner bzw. die Email-Adresse, die Sie bei der Anmeldung angegeben haben. Über diesen Email-Verteiler erhalten Sie alle weiteren Informationen.
(27.03.2020) Aufgrund der aktuellen Lage sind wir gerade dabei die Planung für die Vorlesung zu überarbeiten. Laut Bekanntgabe durch das Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst soll das Sommersemester zu den normalen Zeiten stattfinden, allerdings ist zu erwarten, dass Veranstaltungen zumindest zu Beginn (hauptsächlich) online stattfinden werden. Bitte melden Sie sich möglichst bald an (s.u.), um ggf. aktuelle Mitteilungen zu erhalten.
Für die Teilnahme an der Vorlesung und Übungen ist eine Anmeldung bis Dienstag, den 21.04.2020, nötig.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Caroline Friedel

Umfang und Hörerkreis:

4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik

Zeit und Ort:

Di	10ct–12	Theresienstr. 39	B132
Mi	10ct–12	Theresienstr. 39	B132

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung

Assistent:
Michael Kluge

Tutoren:
Lis Arend
Katharina Reinisch

Gruppe 1	Mi	14–16	105	Amalienstr. 17
Gruppe 2	Mi	16–18	105	Amalienstr. 17

Voraussetzungen und Vorbereitungen

Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der ersten drei Semester.
Es wird empfohlen, bis zum Beginn des Moduls insbesondere den Stoff des Moduls (Grundlagen:) Algorithmen und Datenstrukturen sowie teilweise des Moduls Analysis (zum Thema Differentiation und Integration) aufzufrischen.

Inhalt der Vorlesung

Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

Entwurf und Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment
Fragment Assembly

Modulprüfung

Hinweise zur Modulprüfung werden in der ersten Vorlesung am 21.4.2020 gegeben.

Übungsblätter

Übungsblatt	Abgabe bis

Material

Die Folien zur Vorlesung sind hier zu finden

Ein Skript steht zur Verfügung.

Literatur zur Vorlesung

S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen: Computational Molecular Biology - An Introduction, Wiley, 2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman: Computational Genome Analysis, Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson: Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2009.
N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.
J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
W.-K. Sung: Algorithms in Bioinformatiks: A Practical Introduction, CRC Press, 2010.
M.S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and Genomes, Chapman and Hall, 1995.