Algorithmische Bioinformatik IAlgorithmic Bioinformatics I

Aktuelle Hinweise

Die Ergebnisse der Wiederholungklausur sind in TUMonline bzw. im PVI der LMU verfügbar.
Die Vorlesungen und Übungen starten in Präsenz. Es gelten jeweils die aktuellen Regeln, insbesondere die Empfehlung eine Maske zu tragen.
Es wird dringend empfohlen, den Stoff aus den ersten drei Semestern zu wiederholen, für Details siehe Voraussetzungen und Vorbereitungen.
Die Version 8.26 vom 26.07.22 des Skripts ist verfügbar.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Volker Heun

Umfang und Hörerkreis:

4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik

Zeit und Ort:

Di	10ct-12	B139	Theresienstr. 39
Mi	10ct-12	B139	Theresienstr. 39

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung

G1	Mi	12-14	105	Amalienstr. 17
G2	Mi	14-16	105	Amalienstr. 17
G3	Mi	16-18	105	Amalienstr. 17

Tutoren:
Henrik Otterstedt
Korbinian Pürckhauer
Marcus Wagner
Jack Wörheide

Voraussetzungen und Vorbereitungen

Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der ersten drei Semester.
Es wird empfohlen, bis zum Beginn des Moduls insbesondere den Stoff der folgenden Module aufzufrischen:

(Grundlagen:) Algorithmen und Datenstrukturen,
Analysis (insbesondere zum Thema Differentiation und Integration).

Inhalt der Vorlesung

Lernergebnisse: Selbständiges Entwerfen einfacher Algorithmen und selbständige Analyse von Algorithmen sowie Anwendung bzw. Anpassung grundlegender Algorithmen an ähnliche Problemstellungen der Bioinformatik insbesondere zur Sequenzanalyse und Textsuche.

Inhalt: Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

Entwurf und Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment
Fragment Assembly

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur Verfügung gestellt.

Modulprüfung

Die Modulprüfung findet als schriftliche Prüfung, der Semestralklausur, statt.

Die Semestralklausur fand am Donnerstag, den 4. August 2022, von 11:00 bis 14:00 Uhr im Hörsaal A140 in der Pettenkoferstr. 11 statt.

Die Wiederholungsklausur findet am Dienstag, den 11. Oktober 2022 von 11 bis 14 Uhr im Hörsaal B052 in der Theresienstr. 39 statt.
Für Details siehe das Informationblatt 3.
Für die Teilnahme an der Wiederholungsklausur ist eine Anmeldung erforderlich.

Für die Teilnahme an der Modulprüfung war eine Anmeldung zur Vorlesung und den Übungen bis zum 03.05.2022 erforderlich.

Informationsblätter

Informationssblatt	vom
Informationsblatt 1	26.04.22
Informationsblatt 2	13.07.22
Informationsblatt 3	23.08.22

Übungsblätter

Übungsblatt	Abgabe bis
Übungsblatt 0 (vom 26.04.22)	06.05.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 1 (vom 03.05.22)	13.05.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 2 (vom 10.05.22)	20.05.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 3 (vom 17.05.22)	27.05.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 4 (vom 24.05.22)	10.06.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 5 (vom 31.05.22)	17.06.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 6 (vom 14.06.22)	24.06.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 7 (vom 21.06.22)	01.07.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 8 (vom 28.06.22)	08.07.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 9 (vom 05.07.22)	15.07.22, 9:00 Uhr
Übungsblatt 10 (vom 12.07.22)	22.07.22, 9:00 Uhr
Semestralklausur (mit Lösungsskizzen)	04.08.22
Wiederholungsklausur (mit Lösungsskizzen)	11.10.22

Material

Das Skript wird vorlesungsbegleitend aktualisiert.

Weiteres Material wird im zugehörigen Moodle-Kurs zur Verfügung gestellt.

Literatur zur Vorlesung

S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen: Computational Molecular Biology - An Introduction, Wiley, 2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman: Computational Genome Analysis, Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson: Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2009.
N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.
J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
W.-K. Sung: Algorithms in Bioinformatiks: A Practical Introduction, CRC Press, 2010.
M.S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and Genomes, Chapman and Hall, 1995.