Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik
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AG Friedel: HiWi-Stellen oder Masterarbeiten

26.02.2020

In der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Caroline Friedel ist aktuell folgendes Thema entweder als Hiwi-Stelle oder Master-Arbeit für Studierende der Bioinformatik zu vergeben. Weitere Themen für Bachelor-/Master-Arbeiten sind auf Anfrage möglich.

Thema 1: Vergleich von Read-through Transkription in HSV-1 und Influenza Infektionen

Sowohl HSV-1 als auch Influenza Infektion führen zu massivem Verlust der Transkriptionsterminierung und Transkription über poly(A) sites hinaus (=Read-through Transkription). Bisher wurde aber weder der Ausmaß noch die betroffenen Gene im Detail verglichen. Ziel dieser Arbeit ist ein genom-weiter Vergleich von Read-through Transkription in HSV-1 und Influenza Infektion, insbesondere im Bezug auf verschiedene Influenza-Stämme, sowie ein Vergleich zu Read-through in Salz- und Hitzestress.

Referenzen:
https://www.nature.com/articles/ncomms8126
https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006954
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5972227/

Thema 2: Genexpressionsanalyse in der SARS-CoV-2 Infektion mit Hilfe von publizierten RNA-seq Daten

In dieser Arbeit soll ein Katalog aller bisher verfügbaren RNA-seq Datensätze zu SARS-CoV-2 in der NCBI short read archive erstellt werden sowie ausgewertet und bezüglich Genexpression der Wirtsgene, Splicing und RNA processing verglichen werden.

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