Replicate consistency - Count Level

Replicate consistency - Footprint Level

Published Datasets

• Barisic D, Stadler MB, Iurlaro M, Schübeler D. Mammalian ISWI and SWI/SNF selectively mediate binding of distinct transcription factors. Nature 2019 May;569(7754):136-140. PMID: 30996347 GSE112136
  mehrere TF-s mit ChIP-seq, RNA-seq
• Rasmussen KD, Berest I, Keβler S, Nishimura K et al. TET2 binding to enhancers facilitates transcription factor recruitment in hematopoietic cells. Genome Res 2019 Apr;29(4):564-575. PMID: 30796038 GSE115972
  ATAC-seq + ChIP-seq für TET -> angeblich sollten viele diff ATAC-s da sein
• Koohy H, Bolland DJ, Matheson LS, Schoenfelder S et al. Genome organization and chromatin analysis identify transcriptional downregulation of insulin-like growth factor signaling as a hallmark of aging in developing B cells. Genome Biol 2018 Sep 5;19(1):126. PMID: 30180872 GSE109671
  ChIP-seq für CTCF + ATAC-seqs + RNA-seq (+microRNA-seq) für ATAC-seq 4 Replikate
• Ai R, Laragione T, Hammaker D, Boyle DL et al. Comprehensive epigenetic landscape of rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes. Nat Commun 2018 May 15;9(1):1921. PMID: 29765031 GSE112654
  11 (!) Replikate für rheumatoid arthritis versus ostheoarthritis hier haben sie auf jeden Fall diff ATAC seq auch gemacht: "ATAC-seq DMERs were determined by DiffBind package in R with q-value <0.05." (DMER = differentially modified epigenetic regions) - beim was genau in die test reingeht bin ich mir nicht sicher, laut supplement callen sie peaks mittels ChiSquare Verteilung aber IMHO fehleen da noch infos...
• Jansz N, Keniry A, Trussart M, Bildsoe H et al. Smchd1 regulates long-range chromatin interactions on the inactive X chromosome and at Hox clusters. Nat Struct Mol Biol 2018 Sep;25(9):766-777. PMID: 30127357 GSE111726
  soweit ich sehe : ATAC-Seq / ChIP-seq für ein TF mit KO + peaks für ATAC-seq als Vergleich