Algorithmen auf Sequenzen Algorithms on Sequences
This page is available in German only.
Aktuelle Hinweise
Die Wiederholungsklausur ist korrigiert und die Ergebnisse sind an
das jeweilige Prüfungsamt übermittelt. Die Noten
können dort eingesehen werden. Ein Termin zur Einsicht kann
individuell vereinbart werden.
Die Version 7.32 vom 17.02.19 des
Skripts
ist verfügbar.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct–12 Theresienstr. 39, B047 Do 10ct–12 Theresienstr. 39, B047
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistentin:
Marie-Sophie Friedl
Mi
12st–14
Amalienstr. 17, A107
Material
Das Skript
wird im Laufe der Vorlesung aktualisiert.
Voraussetzungen
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums. Der erfolgreiche Besuch
der Veranstaltung Algorithmische Bioinformatik I ist
empfehlenswert.
Inhalt der Vorlesung
Lernergebnis:
Die Teilnehmer sind in der Lage Problemstellungen auf Sequenzen für
einen algorithmischen Zugang zu modellieren, die algorithmische
Komplexität des Problems zu bestimmen und einzuordnen, Algorithmen
für die Lösung zu entwerfen und zu analysieren.
Themen:
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Optimal Scoring Subsequences
Suffix-Trees Revisited
Repeats
Interludium: LCA-Queries und RMQ
Suffix-Arrays
Genome Rearrangements
Eine aktuelle Inhaltsangabe wird im Laufe der
Vorlesung zur Verfügung gestellt.
Modulprüfung
Die Modulprüfung findet als schriftliche Prüfung, der
Semestralklausur statt.
Die Semestralklausur fand am Mittwoch, den 13. Februar 2019,
von 14:00 bis 16:15 Uhr im Seminarraum A105 in der
Amalienstr. 17 statt.
Sonntag, den 24. März erforderlich.
Für Details siehe das Informationblatt 3.
In den Übungen kann ein Notenbonus erworben werden.
Hierzu sind die Übungen regelmäßig zu besuchen, sind
mindestens 50% der gekennzeichneten Hausaufgabenpunkte zu erreichen
und es ist mindestens eine Lösung einer Aufgabe in den Übungen
vorzutragen.
Ein erworbener Notenbons verbessert die erzielte Note einer
bestandenen Klausur um 0,3, die beste erreichbare Note
bleibt allerdings 1,0.
Dieser Notenbonus ist nur in der Semestralkausur und in der
Wiederholungsklausur zu diesem Modul im Wintersemester 2018/19
anwendbar.
Informationsblätter
Übungsblätter
Übungsblatt Abgabe bis
Übungsblatt 1 Donnerstag, 25.10.2018
Übungsblatt 2 Mittwoch, 31.10.2018
Übungsblatt 3 Donnerstag, 08.11.2018
Übungsblatt 4 Donnerstag, 15.11.2018
Übungsblatt 5 Donnerstag, 22.11.2018
Übungsblatt 6 Donnerstag, 29.11.2018
Übungsblatt 7 Donnerstag, 06.12.2018
Übungsblatt 8 Donnerstag, 13.12.2018
Übungsblatt 9 Donnerstag, 20.12.2018
Übungsblatt 10 Donnerstag, 10.01.2019
Übungsblatt 11 Donnerstag, 17.01.2019
Übungsblatt 12 Donnerstag, 24.01.2019
Übungsblatt 13 Donnerstag, 31.01.2019
Semestralklausur Mittwoch, 13.02.2019
Lösungsvorschläge Mittwoch, 13.02.2019
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette:
Combinatorics of Genome Rearrangements , MIT Press, 2009.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2015.
S. Kurtz:
Lecture
Notes for Foundations of Sequence Analysis
E. Ohlebusch:
Bioinformatics Algorithms ,
Oldenbusch Verlag, 2013.
Sowie Originalliteratur (siehe Skript).
