Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik
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NEAP Praktikum Netzwerk- und Expressionsdaten-Analyse (SS2018, NEAP)

 
Allgemeine InformationenGeneral Information
  • Raum:Room: A406 + A105 + CIP-pool, Amalienstr. 17
  • Projektauswahlsphase: ab jetzt (muss bis 10.04 12:00 abgeschlossen sein!)
  • Erstes Treffen von allen Teilnehmer: Dienstag, 10.04.2018 14:00, A 105
  • Zeit (während des Semesters): Date (during the semester): Kernzeiten: Dienstag (14-18) und Donnerstag (14-18) Core times: Tuesday (14:00-18:00) and Thursday (14:00-18:00)
  • UmfangCredits:: 12 ECTS / 10 SWS (10P/Block)
  • Praktikumsleitung: Responsibility: Prof. Dr. Ralf Zimmer   Dr. Gergely Csaba
Thema/Beschreibung/InhaltTopic/Description/Contents
Im Masterpraktikum steht die Forschung in Fokus.
Das Hauptziel ist, dass man in einer Gruppe (~ 4 Studenten) Analysen von öffentlichen Daten in relevanten Themen durchführt, diese interpretiert und die Ergebnisse sowohl als "interaktive Figure" (siehe weiter unten) als auch als Manuskript (Buchkapitel siehe weiter unten) zur Verfügung stellt. Die dazu notwendige Arbeit beinhaltet daher:
  1. das Recherchieren von aktuellen Literatur,
  2. Auffinden der relevanten Datensätze und Datenbanken,
  3. Identifikation von Haupterkentnissen / Definieren von neuen spannenden Fragen,
  4. Prozessieren der in (2.) gefundenen Daten bezüglich (3.) und
  5. Ermöglichen der interaktiven Erforschung der erhaltenen Antworten über eine auf Webseite die auf der Lehrstuhlinfrakstuktur installiert und zugänglich ist und
  6. Erstellen eines schriftlichen Berichtes die im wesentlichen die Schritte (i)-(v) beschreibt und (vor allem (v)) interpretiert.


Zusätzlich zu den oben genannten Punkten (Grundlagenforschung, Basic Science) ist das Ziel des Praktikums zu untersuchen, ob die jeweiligen Methoden und Daten für konkrete Fragestellung zu einer komplexen humanen Krankheit angewendet werden können (Translational Science). Konkret geht es um Anwendungen zum Verständnis kardiovaskulärer Krankheiten, wie sie z.B. im aktuellen SFB 1123 (Atherosclerosis Mechanisms and Networks of Novel Therapeutic Targets) an unserer medizinischen Fakultät untersucht werden. Bioinformatische Anwendungsmöglichkeiten sollten konstruktiv entwickelt, aber auch validiert und ggfs. kritisch bewertet werden.
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Struktur/Zeitablauf des PraktikumsStructure/Schedule
Das Praktikum gliedert sich in vier Phasen: (Neben den hier aufgeführten Zeiten muss ein wöchentliches Treffen mit dem jeweiligen Betreuer stattfinden wo die Fortschritte, Fragen, Probleme diskutiert werden. Diese werden individuell pro Gruppe ausgemacht).
1. (ab jetzt bis Semesteranfang): Projektfindung + Einarbeitung Eine Liste möglicher Themen ist unter Punkt "Liste der Themen" angegeben. Ihre Aufgabe ist jetzt sich anhand der Literaturangaben und Ergebnissen vom letzten Jahr (link) ein Bild zu verschaffen über die aktuelle Erkentnissen und die offene Fragen im Gebiet, und sich entsprechend für ein Projekt entscheiden.

Um eine sinnvolle Betreuung zu ermöglichen können jedes Thema kann nur eine Gruppe von maximal vier Studenten bearbeiten (entsprechend die Einschränkung auf der Umfrage seite link) - hier gilt das "first come first served" Prinzip - wir empfehlen daher sich mit Ihren Kommilitonen kurzzuschliessen.

Es ist auch möglich Projektthemen zu wählen die in der Liste nicht aufgeführt sind. Dazu muss ein entsprechenden Vorschlag mit der Praktikumsleitung diskutiert werden, und wenn das Thema sich eignet wird es in die Liste der möglichen Themen aufgenommen.
2. (bis 24.04.2018): tiefere Einarbeitung + Erstellen eines vorstellbaren Projekt-entwurfs Am 24.04 und 26.04 findet eine "Kick-off-Conference" statt: Hier müssen alle Gruppen die Ergebnisse Ihrer bisherige Recherchen, Ihr Projektvorhaben und "preliminary results" vor allen anderen Gruppen und den Betreuern präsentieren. An beiden Tagen fangen die Präsentation um 14:00 an, sollten pro Gruppe ~ 30 Minuten dauern, (drei Gruppen an beiden Tagen).
3. Forschungsphase (26.04. - 27.07.) In dieser Phase findet die Hauptarbeit statt. Um die anderen Gruppen über die Fortschritte und Erkentnisse zu informieren findet eine Mid-term Präsentation: an den Tagen: 05.06. + 07.06. (jeweils ab 14:00, 3 Gruppen a' 30 Minuten) statt.
4. Präsentation der Ergebnisse (01.08.) Zum Schluss findet die Neap'18 Konferenz statt. Wo jede Gruppe eine Präsentation (45 Min + Fragen) über ihre Arbeit zeigt (mit Referenzen auf den erstellten interaktiven Abbildungen), und und ein Buchkapitel abgibt.
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Liste der Themen und BeispielprojektList of work topics and example project
Einen tieferen Überblick der Themen können sie von dem Neap`17 Buch erhalten: link.
Die liste der Themen ist daher identisch mit den im Buch aufgefüten Kapitel (wir geben die Themen hier in englischer Sprache an, da alle Präsentationen und Ergebnisse so verfasst werden müssen:

  • Gene Expression (and it's prediction)
  • Transcription Factor Binding
  • Open Chromatin
  • Alternative Splicing
  • Biological Networks
  • (long) non-coding RNAs
  • miRNAs
  • 3D DNA Interactions
  • Mass-Spectrometry based Proteomics
  • Disease (example: Breast Cancer) Subtype Classification

  • Als Beispiel der interaktive Visualisation der Ergebnisse hier die erstellte Seite desTranscription Factor Binding Projects im Sommersemester 2017: link
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    BetreuerCourse instructuors
    • Prof. Dr. Ralf Zimmer
    • Dr. Gergely Csaba
    • ggfs. für geeignete Teilprojekte weitere Betreuer des Lehrstuhls und des IPEK (LMU Medizin) for individual subprojects additional supervisors from the chair, IPEK (LMU medicine) and the Helmholtz center Munich
    VorkenntnissePrerequisites
    • Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)Bachelor Bioinformatics
    • Programmierpraktikum BioinformatikBioinformatics programming course
    • Praktikum Genomorientierte BioinformatikPractical Genome-oriented bioinformatics
    Gute Programmierkenntnisse in Java unter Linux sind notwendig. Das Praktikum wird in Kleingruppen von 4 Studenten durchgeführt. Good programming skills in Java under Linux will be required. The practical course will be performed in small groups of 4 students.
    Interne WebseiteInternal web page

    Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht At the beginning of the semester all required material will be provided at the internal Webpage (NEAP18 Interne Webseite)(NEAP18 Internal web page)

    Downloads


    Servicebereich

    Informationen fürInformation for


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