Aktuelle Hinweise
Für die Teilnahme an der Vorlesung und Übungen ist eine Anmeldung bis Dienstag, den 25.04.2023, nötig.
Die Vorlesung wird über Moodle organisiert. Nach Anmeldung erhalten Sie zeitnah den Einschreibeschlüssel für die Moodle-Vorlesungsseite. Alle weiteren Informationen und Materialien erhalten Sie per Moodle.
Die Vorlesung beginnt am Dienstag, den 18.04.2023, um 10 c.t.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Prof. Dr. Caroline Friedel Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct–12 Schellingstr. 3 S 007 Mi 10ct–12 Schellingstr. 3 S 007
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistent:Elena Weiß
Gruppe 1
Mi
12–14
105
Amalienstr. 17
Gruppe 2
Mi
14–16
105
Amalienstr. 17
Gruppe 3
Mi
16–18
105
Amalienstr. 17
Voraussetzungen und Vorbereitungen
Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der
ersten drei Semester.
(Grundlagen:) Algorithmen und Datenstrukturen sowie
teilweise des Moduls Analysis (zum Thema Differentiation und
Integration) aufzufrischen.
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Entwurf und Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment
Fragment Assembly
Modulprüfung
Hinweise zur Modulprüfung werden in der ersten Vorlesung am 18.04.2023 gegeben.
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman:
Computational Genome Analysis ,
Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins
and Nucleic Acids , Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2009.
N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms ,
MIT Press, 2004.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
W.-K. Sung:
Algorithms in Bioinformatiks: A Practical Introduction ,
CRC Press, 2010.
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and
Genomes , Chapman and Hall, 1995.
