Prof. Dr. Caroline Friedel

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AdresseAddress:	Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik Teaching and Research Unit Bioinformatics Institut für Informatik Ludwig-Maximilians-Universität München
	Amalienstr. 17, 80333 MünchenMunich, Germany
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Themen für Abschlussarbeiten (Bachelor-/Master-Thesis)Topics for Bachelor-/Master-Theses

Ich biete jederzeit aktuelle Themen aus der Forschung an. Bitte fragen Sie wegen aktuellen Themen per E-Mail an. I am always offering current projects from my own research as Bachelor/Master's thesis topics. Please contact me per email.

ForschungResearch

Tool Entwicklung und bioinformatische Analyse zu
- Virus-Host Transcriptomics
- Neue funktionelle Elemente in viralen Genomen
- RNA Prozessierung und Abbau
- Regulierung der Transkriptionsinitiation, -elongation und -terminierung
- Multiomics-/Next-Generation-Sequencing Daten, insbesondere RNA-seq, 4sU-seq, ChIP-seq, ATAC-seq

Tool development and bioinformatics analysis on
- Virus-Host Transcriptomics
- novel functional elements in viral genomes
- RNA processing and decay
- Regulation of transcription initiation, elongation and termination
- Analysis of multiomics/next-generation sequencing data, in particular: RNA-seq, 4sU-seq, ChIP-seq, ATAC-seq

MitarbeiterGroup

Katharina Reinisch

Doktorandin Ph.D. student

seit since 09/2023

Alumni:

Dr. Elena Weiß	Doktorandin / Postdoc Ph.D. student / Postdoc	2020-2025
Dr. Michael Kluge	Doktorand / Postdoc Ph.D. student / Postdoc	2014-2022
Marie-Sophie Friedl	Doktorandin Ph.D. student	2016-2019
Dr. Thomas Bonfert	Doktorand / Postdoc Ph.D. student / Postdoc	2010-2016

DrittmittelFunding

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LehreTeaching

Siehe hier See here.

PublikationenPublications

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Software / Tools

RegCFinder	Tool for the targeted discovery of genomic subregions with differential read density.
Watchdog	Workflow management system for the automated and distributed analysis of large-scale experimental data.
ContextMap	RNA-seq mapping software for identifying the most likely mapping for each read based on the context of all other reads.
ProCope	Java library for the prediction and evaluation of protein complexes from purification data experiments.
FERN	Java framework for stochastic simulation and analysis of reaction networks (available as java library, Cytoscape or CellDesigner plugin)
HALO	HALO is a software for the precise determination of transcript half-lives from measurements of RNA de novo transcription. In addition, methods for quality control, filtering and normalization are supplied as well as a graphical user interface, command line tools and a well-documented Java API.

LebenslaufCurriculum Vitae

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Seit Since 09/2023	Sprecherin der Speaker of the Fachgruppe Bioinformatik (FaBI) der DECHEMA, GBM, GDCh und GI
Seit Since 10/2015	Universitätsprofessorin (W2) für Bioinformatik an der LMU München. Associate professor for bioinformatics at LMU Munich.
2014-2023	Stellvertretende Sprecherin der Deputy Speaker of the Fachgruppe Bioinformatik (FaBI) der DECHEMA, GBM, GDCh und GI
Seit Since 10/2014	Frauenbeauftragte der Fakultät 16 (Mathematik, Informatik und Statistik)
04/2014	Habilitation
05/2013-09/2014	Stellvertreterin der Frauenbeauftragten der Fakultät 16 (Mathematik, Informatik und Statistik)
2012-2014	Sprecherin der Speaker of the GI-Fachgruppe für Informatik in den Biowissenschaften
11/2011-09/2015	Juniorprofessorin für Bioinformatik mit Schwerpunkt Komplexe Biologische Netzwerke an der LMU München. Assistant professor for bioinformatics (complex biological networks) at LMU Munich.
08/2011	Ruf auf die W1-Juniorprofessur (mit tenure track) für Bioinformatik mit Schwerpunkt Komplexe Biologische Netzwerke an der LMU München. Offered an assistant professorship (W1) with tenure track for bioinformatics (complex biological networks) at LMU Munich.
10/2010-11/2011	Juniorprofessorin für Molekulare Biotechnologie – Theoretische Bioinformatik an der Universität Heidelberg Assistant professor (W1) for molecular biology and theoretical bioinformatics at Heidelberg University
08/2010	Ruf auf die W1-Juniorprofessorin für Bioinformatik an der Universität Jena Offered an assistant professorship (W1) for bioinformatics at Jena University.
06/2010	Ruf auf die W1-Juniorprofessur für Molekulare Biotechnologie – Theoretische Bioinformatik an der Universität Heidelberg Offered an assistant professorship (W1) for molecular biology and theoretical bioinformatics at Heidelberg University
2010	Nominiert für den GI Dissertationspreis 2009 Nominated for the GI Dissertationprize 2009
2009	Promotionspreis der LMU München Dissertation prize of the University of Munich (LMU Munich)
03/2009-10/2010	Postdoc, LFE Bioinformatik, LMU München Postdoc, Bioinformatics Group, University of Munich (LMU Munich)
05/2005-02/2009	Promotion, LFE Bioinformatik, LMU München PhD-Student, Bioinformatics Group, University of Munich (LMU Munich)
10/2003-05/2005	Studium der Bioinformatik an der LMU München und der TU München, Abschluss: M. Sc. Bioinformatics course, University of Munich (LMU Munich) and Technical University of Munich (TU Munich), M. Sc.
2002-2004	Studentische Hilfskraft, LFE Bioinformatik, LMU München Student assistant, Bioinformatics Group, University of Munich (LMU Munich)
August-September 2002	Praktikum bei 4SC AG, Martinsried Internship at 4SC AG, Martinsried
10/2000-09/2003	Studium der Bioinformatik an der LMU München und der TU München, Abschluss: B. Sc. Bioinformatics course, University of Munich (LMU Munich) and Technical University of Munich (TU Munich), B. Sc.
1991-2000	Abitur