Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik
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Bioinformatik-TutoriumBioinformatics Tutorials

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Aktuelle Hinweise

  • Es gibt eine neue Version von Übungsblatt 10. Die Beispielslösung zu Aufgabe 2 war falsch.
  • Die Prüfung findet am 25.7. in zwei Gruppen statt. Sollten Sie nicht in zu einer der beiden Gruppen eingeteilt sein, obwohl Sie an der Prüfung teilnehmen wollen, melden Sie sich bitte bei Evi Berchtold.
    • Gruppe 1: 12:00-13:30 Uhr
    • Gruppe 2: 13:30-15:00 Uhr
  • Es gibt eine neue Version der seq.zip Materialien für das aktuelle Übungsblatt. Das Pattern id in der Genome Klasse ist jetzt "(?:ID=.+?:|exon_id=)(.+?);", damit auch Exon IDs gefunden werden.
  • Die nucleotide Frequency Aufgabe kann nun auf dem Abgabeserver überprüft werden. Beachtet, dass ein zip Archiv, das alle Skripte (python, bash und R, bash Skript muss countAll.sh heißen) enthält hochgeladen werden muss und die Skripte platform-unabhängig aufrufbar sein sollen (keine absoluten Pfade!).
  • Die Prüfung findet am 25.07.19 12-16h (aufgeteilt in zwei Gruppen) im CIP-Pool statt.
  • Mittlerweile wurden von allen Studenten min. 1 Abgabe korrigiert. Wer keine Bewertungsdatei in seinem git findet, sollte sicherstellen, dass der master branch auch für Developer pushbar ist (Folie 1 der 2. VL (Lambdas und Streams))
  • Um die benötigten Input Dateien für das Tutorium angenehm auf einen Laptop/privaten Rechner zu synchronisieren, kann folgendes git geclont werden:
    git@gitlab2.cip.ifi.lmu.de:berchtolde/material_tutorium.git
    Es enthält alle Materialien die für den Kurs benötigt werden.
  • Die Logins für den Abgabeserver wurden erstellt. Informationen zu den Logins wurden per Mail verschickt. Die Logins sind Vorname_Nachname und das Passwort die Matrikelnummer (bitte ändern). Bei Fragen zum Login bitte an Evi Berchtold melden. Leider sind nicht alle Übungsaufgaben automatisch überprüfbar, so dass der Abgabeserver nur für die Blätter 4, 6, 7, 8 und 10 benutzt werden kann.
  • Wer einen eigenen Windows-Laptop benutzen will, sollte Git für Windows herunterladen und installieren. Eine kurze Einführung in Git für Windows ist hier verfügbar. Wir werden das Git aber während des Kurses gemeinsam einrichten.
  • Die Gruppeneinteilung ist hier verfügbar. G1 ist um 12-14h und G2 um 14-16h c.t. Die Anmeldung ist allerdings weiterhin möglich.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Prof. Dr. Ralf Zimmer
Praktikumsbetreuung:
Evi Berchtold
Octavia Ciora
Thomas Mauermeier
Elisabeth Pachl
Bei Fragen können Sie direkt an
schreiben
Umfang und Hörerkreis:
  • 2SWS Praktikum/3 Credits
  • Für Studierende der Bioinformatik, die den Informatik-Block an der LMU belegen.
Zeit und Ort:
Aufgrund der vielen Teilnehmer werden 2 Termine angeboten:
Do12-14CIP-Pool Amalienstr. 17
Do14-16CIP-Pool Amalienstr. 17
Bitte geben Sie bei der Anmeldung an welcher Termin für Sie in Frage kommt, damit wir die Teilnehmer auf die beiden Termine aufteilen können.
Die erste Veranstaltung ist am Donnerstag, den 25.04.2019 im CIP-Pool, Amalienstr. 17.

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