Bioinformatik-TutoriumBioinformatics Tutorials

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Aktuelle Hinweise

Die Ergebnisse der Nachholprüfung sind hier verfügbar.
Die Ergebnisse der Prüfung sind hier verfügbar. Die Nachholprüfung wird am 22.10. um 15h im CIP-Pool stattfinden. Eine Anmeldung per Mail an Evi Berchtold ist erforderlich.
Die erreichten Bonuspunkte sind im Materialordner verfügbar
In der Musterlösung zu Blatt 10 hat die Methode zum translatieren der Transkripte gefehlt. Dies ist nun korrigiert.
Es gibt eine neue Version von Übungsblatt 10. Die Beispielslösung zu Aufgabe 2 war falsch.
Die Prüfung findet am 25.7. in zwei Gruppen statt. Sollten Sie nicht in zu einer der beiden Gruppen eingeteilt sein, obwohl Sie an der Prüfung teilnehmen wollen, melden Sie sich bitte bei Evi Berchtold.
- Gruppe 1: 12:00-13:30 Uhr
- Gruppe 2: 13:30-15:00 Uhr
Es gibt eine neue Version der seq.zip Materialien für das aktuelle Übungsblatt. Das Pattern id in der Genome Klasse ist jetzt "(?:ID=.+?:|exon_id=)(.+?);", damit auch Exon IDs gefunden werden.
Die nucleotide Frequency Aufgabe kann nun auf dem Abgabeserver überprüft werden. Beachtet, dass ein zip Archiv, das alle Skripte (python, bash und R, bash Skript muss countAll.sh heißen) enthält hochgeladen werden muss und die Skripte platform-unabhängig aufrufbar sein sollen (keine absoluten Pfade!).
Die Prüfung findet am 25.07.19 12-16h (aufgeteilt in zwei Gruppen) im CIP-Pool statt.
Mittlerweile wurden von allen Studenten min. 1 Abgabe korrigiert. Wer keine Bewertungsdatei in seinem git findet, sollte sicherstellen, dass der master branch auch für Developer pushbar ist (Folie 1 der 2. VL (Lambdas und Streams))
Um die benötigten Input Dateien für das Tutorium angenehm auf einen Laptop/privaten Rechner zu synchronisieren, kann folgendes git geclont werden:
git@gitlab2.cip.ifi.lmu.de:berchtolde/material_tutorium.git
Es enthält alle Materialien die für den Kurs benötigt werden.
Die Logins für den Abgabeserver wurden erstellt. Informationen zu den Logins wurden per Mail verschickt. Die Logins sind Vorname_Nachname und das Passwort die Matrikelnummer (bitte ändern). Bei Fragen zum Login bitte an Evi Berchtold melden. Leider sind nicht alle Übungsaufgaben automatisch überprüfbar, so dass der Abgabeserver nur für die Blätter 4, 6, 7, 8 und 10 benutzt werden kann.
Wer einen eigenen Windows-Laptop benutzen will, sollte Git für Windows herunterladen und installieren. Eine kurze Einführung in Git für Windows ist hier verfügbar. Wir werden das Git aber während des Kurses gemeinsam einrichten.
Die Gruppeneinteilung ist hier verfügbar. G1 ist um 12-14h und G2 um 14-16h c.t. Die Anmeldung ist allerdings weiterhin möglich.

Alte Hinweise

Da PBL bei Prof. Baumbach zur gleichen Zeit wie der zusätzliche Termin des Tutoriums stattfindet, müssen sich Studenten die an beiden Verantstaltungen teilnehmen für den Termin um 10-12h anmelden und im Kommentar angeben, dass nur dieser Termin in Frage kommt.
Aus organisatorischen Gründen musste der zusätzliche Termin verschoben werden (14-16h statt 10-12h). Wer sich schon angemeldet hat (also mit Auswahl 10-12h oder 12-14h) muss sich erneut anmelden.
Um an der Veranstaltung teilzunehmen ist eine Anmeldung bis Donnerstag, 18.04. erforderlich.
Falls eclipse im CIP-Pool java 8 nicht automatisch erkennt, ist es meistens am einfachsten eine aktuellere Version von eclipse zu installieren
Falls eigene Laptops benutzt werden: muss sich jeder selbst um die Infrastruktur (Internet/Java/IDE/ssh usw) kümmern. Es wird kein Support für die Rechner geben können.
Freischaltung des ssh-Zugangs unter dieser RBG Seite
Informationen zum Remote Desktop Dienst unter dieser RBG Seite

Allgemeine Informationen

Dozent:

Prof. Dr. Ralf Zimmer

Praktikumsbetreuung:

Evi Berchtold

Octavia Ciora

Thomas Mauermeier

Elisabeth Pachl

Umfang und Hörerkreis:

2SWS Praktikum/3 Credits
Für Studierende der Bioinformatik, die den Informatik-Block an der LMU belegen.

Zeit und Ort:

Do	12-14	CIP-Pool Amalienstr. 17
Do	14-16	CIP-Pool Amalienstr. 17

Bitte geben Sie bei der Anmeldung an welcher Termin für Sie in Frage kommt, damit wir die Teilnehmer auf die beiden Termine aufteilen können.

Voraussetzungen

Besuch der Vorlesung und Tutoriums Einführung in die Programmierung im vergangenen Wintersemester 2018/19.

Inhalt der Veranstaltung

Das Praktikum besteht aus einem Tutorium über Programmierung sowie Programmierumgebungen.
Programmierkonzepte werden anhand von praktischen Beispielen in den Programmiersprachen java, python, bash und R angewendet und eingeübt. Soweit möglich wird dabei auf für die Bioinformatik relevante Beispiele zurückgegriffen.

Modulprüfung

Die praktische Prüfung findet während des Tutoriums am Computer statt. Zur Vorbereitung sind alle Präsenzaufgaben und Hausaufgaben in eine lauffähige Form zu bringen. Geprüft werden die behandelten Konzepte der Informatik anhand praktischer Programmierfähigkeiten.

Material

Folien und Übungsblätter sind hier verfügbar.

Literatur