Algorithmische Bioinformatik: Bäume und Graphen Algorithms Bioinformatics: Trees and Graphs
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Aktuelle Hinweise
Das Ergebnis der Wiederholungsklausur steht fest. Die Ergebnisse
sind an die jeweiligen Prüfungsauschüsse übermittelt
und sollten in Kürze in TUMonline bzw. in den
Kontoauszügen der LMU-Informatik verfügbar sein.
Das Ergebnis der Semestralklausur steht fest.
Die Noten sind an die Prüfungsausschüsse
übermittelt und sollten in TUMonline bzw. in
den Kontoauszügen der LMU-Informatik verfügbar
sein.
Das Modul findet
in Form digitaler Lehre statt! Die Version 6.28 vom 20.07.20 des
Skripts
ist verfügbar.
Alte Hinweise
Weitere Lehrmaterialien sind im zugehörigen
Moodle-Kurs
verfügbar.
Für die Teilnahme am Modul und an der Modulprüfung war
eine Anmeldung zum Modul bis zum
1. Mai um 12:00 Uhr erforderlich.
Es wird dringend empfohlen, sich bereits in der vorlesungsfreien
Zeit inhaltlich auf die Vorlesung vorzubereiten, für Details
hierzu siehe Voraussetzungen und Vorbereitungen .
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Das Modul findet in
Form digitaler Lehre statt!
Mo 12ct–14 Theresienstr. 39, B006 Mi 10ct–12 Theresienstr. 37, A027
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Mi
12st–14
Theresienstr. 39, B039
Mi
12st–14
per Videokonferenz
Material
Voraussetzungen und Vorbereitung
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums. Der erfolgreiche
Besuch der Veranstaltung Algorithmische Bioinformatik I ist
empfehlenswert.
Es wird dringend empfohlen, die Inhalte von
Algorithmische Bioinformatik I ,
Algorithmische Bioinformatik II (insbesondere zur
Approximierbarkeit) und
[Grundlagen:] Algorithmen und Datenstrukturen (insbesondere zu
Union-Find, Priority Queues, Fibonacci-Heaps) zu wiederholen.
Inhalt der Vorlesung
Lernergebnis:
Die Teilnehmer sind in der Lage, biologische Problemstellungen, wie die
Erstellung von Phylogenien und Linearisierung von genomischen Gruppen,
mithilfe von Graphen und speziell Bäumen geeignet zu modellieren,
damit sie einem automatisierten Lösungsverfahren zugänglich
sind, die algorithmische Komplexität (bzgl. der
Komplexitätsklassen P, NP, NPC, PSPACE, EXPTIME, etc.) des
zughörigen Problems einzuordnen, Algorithmen für deren Lösung
zu entwerfen und diese im Hinblick auf deren Effektivität
(Korrektheit) und Effizienz (bzgl. Laufzeit und Speicherplatzverbrauch)
zu analysieren.
Themen:
Die Vorlesung behandelt voraussichtlich die folgende Themen:
Modulprüfung
Die Modulprüfung findet als schriftliche Prüfung, der
Semestralklausur statt.
Die Semestralklausur fand am Mittwoch, den 13. August 2020,
von 9 bis 12 Uhr im Hörsaal B139 in der
Theresienstr. 39 statt.
Informationsblätter
Übungsblätter
Übungsblatt Abgabe bis (Moodle)
Übungsblatt 0 (22.04.2020) Freitag, 01.05.2020, 9:00
Übungsblatt 1 (29.04.2020) Freitag, 08.05.2020, 9:00
Übungsblatt 2 (06.05.2020) Freitag, 15.05.2020, 9:00
Übungsblatt 3 (13.05.2020) Freitag, 22.05.2020, 9:00
Übungsblatt 4 (20.05.2020) Freitag, 29.05.2020, 9:00
Übungsblatt 5 (27.05.2020) Freitag, 05.06.2020, 9:00
Übungsblatt 6 (03.06.2020) Freitag, 12.06.2020, 9:00
Übungsblatt 7 (10.06.2020,
akt. 18.06.) Freitag, 19.06.2020, 9:00
Übungsblatt 8 (17.06.2020) Freitag, 26.06.2020, 9:00
Übungsblatt 9 (24.06.2020) Freitag, 03.07.2020, 9:00
Übungsblatt 10 (01.07.2020) Freitag, 10.07.2020, 9:00
Übungsblatt 11 (08.07.2020) Freitag, 17.07.2020, 9:00
Übungsblatt 12 (15.07.2020) Freitag, 24.07.2020, 9:00
Semestralklausur Mittwoch, 13.08.2020
Semestralklausur (mit Lösungsskizzen) Mittwoch, 13.08.2020
Literatur zur Vorlesung
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction ,
Wiley, 2000.
J. Felsenstein:
Inferring Phylogenies ,
Sinauer Associates, 2004.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology ,
Cambridge University Press, 1997.
D. Huson, R. Rupp, C. Scornavacca:
Phylogenetic Networks: Concepts, Algorithms and Applications ,
Cambridge University Press, 2010.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik I/II/III ,
Skriptum ,
2001-2005
M. Nei, S. Kumar:
Molecular Evolution and Phylogenetics ,
Oxford University Press, 2000.
Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme:
The Phylogenetic Handbook: A Practical Appoach to DNA and
Protein Phylogeny ,
Cambridge University Press, 2003
C. Semple, M. Steel:
Phylogenetics ,
Oxford Lecture Series in Mathematics and its Applications, Vol. 24.
Oxford University Press, 2003.
