Algorithmische Bioinformatik: Bäume und Graphen Algorithms Bioinformatics: Trees and Graphs
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Aktuelle Hinweise
Es wird dringend empfohlen, sich bereits in
der vorlesungsfreien Zeit inhaltlich auf die Vorlesung
vorzubereiten, für Details hierzu siehe
Voraussetzungen und
Vorbereitungen
Weitere Lehrmaterialien sind im zugehörigen
Moodle-Kurs
verfügbar (die Aufnahme in den Moodle-Kurs erfolgt nach Ende
der Anmeldung).
Die Version 7.26 vom 19.07.23 des
Skripts
ist verfügbar.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct–12 Theresienstr. 39, B046 Do 10ct–12 Theresienstr. 39, B046
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Do
12st–14
Theresienstr. 39, B046
Material
Voraussetzungen und Vorbereitung
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums. Der erfolgreiche
Besuch der Veranstaltung Algorithmische Bioinformatik I ist
empfehlenswert.
Es wird dringend empfohlen, die Inhalte von
Algorithmische Bioinformatik I ,
Algorithmische Bioinformatik II (insbesondere zur
Approximierbarkeit) und
[Grundlagen:] Algorithmen und Datenstrukturen (insbesondere zu
Union-Find, Priority Queues, Fibonacci-Heaps) zu wiederholen.
Inhalt der Vorlesung
Lernergebnis:
Die Teilnehmer sind in der Lage, biologische Problemstellungen, wie die
Erstellung von Phylogenien und Linearisierung von genomischen Gruppen,
mithilfe von Graphen und speziell Bäumen geeignet zu modellieren,
damit sie einem automatisierten Lösungsverfahren zugänglich
sind, die algorithmische Komplexität (bzgl. der
Komplexitätsklassen P, NP, NPC, PSPACE, EXPTIME, etc.) des
zughörigen Problems einzuordnen, Algorithmen für deren Lösung
zu entwerfen und diese im Hinblick auf deren Effektivität
(Korrektheit) und Effizienz (bzgl. Laufzeit und Speicherplatzverbrauch)
zu analysieren.
Themen:
Die Vorlesung behandelt voraussichtlich die folgende Themen:
Modulprüfung
Die Modulprüfung findet als schriftliche Prüfung, der
Semestralklausur, statt.
Die Semestralklausur fand am Mittwoch, den 26. Juli 2023,
von 12 bis 15 Uhr
statt.
Informationsblätter
Informationblatt vom
Informationsblatt 1 29.03.2023
Informationsblatt 2 (siehe Moodle)
31.05.2023
Informationsblatt 3 (siehe Moodle)
30.08.2023
Übungsblätter
Übungsblatt Abgabe bis (in Moodle)
Übungsblatt 1 (19.04.23) Samstag, 29.04.23, 10:00
Übungsblatt 2 (26.04.23) Samstag, 06.05.23, 10:00
Übungsblatt 3 (03.05.23) Samstag, 20.05.23, 10:00
Übungsblatt 4 (17.05.23) Samstag, 10.06.23, 10:00
Übungsblatt 5 (07.06.23) Samstag, 17.06.23, 10:00
Übungsblatt 6 (14.06.23) Samstag, 24.06.23, 10:00
Übungsblatt 7 (21.06.23) Samstag, 01.07.23, 10:00
Übungsblatt 8 (28.06.23) Samstag, 08.07.23, 10:00
Übungsblatt 9 (05.07.23) Samstag, 15.07.23, 10:00
Semestralklausur Mittwoch, 26.07.23
Semestralklausur mit
Lösungsskizzen Mittwoch, 26.07.23
Literatur zur Vorlesung
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction ,
Wiley, 2000.
J. Felsenstein:
Inferring Phylogenies ,
Sinauer Associates, 2004.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology ,
Cambridge University Press, 1997.
D. Huson, R. Rupp, C. Scornavacca:
Phylogenetic Networks: Concepts, Algorithms and Applications ,
Cambridge University Press, 2010.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik I/II/III ,
Skriptum ,
2001-2005
M. Nei, S. Kumar:
Molecular Evolution and Phylogenetics ,
Oxford University Press, 2000.
Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme:
The Phylogenetic Handbook: A Practical Appoach to DNA and
Protein Phylogeny ,
Cambridge University Press, 2003
C. Semple, M. Steel:
Phylogenetics ,
Oxford Lecture Series in Mathematics and its Applications, Vol. 24.
Oxford University Press, 2003.
