Algorithmische Bioinformatik IAlgorithmic Bioinformatics I

Aktuelle Hinweise

Für die Teilnahme an der Vorlesung und Übungen und der Modulprüfung ist eine Anmeldung bis Donnerstag, den 23.04.2026, 14:00 Uhr, nötig. Ohne Anmeldung kann weder die reguläre Klausur noch die Wiederholungsprüfung mitgeschrieben werden.
Für Bioinformatik-Studierende und Studierende der TUM ist diese Anmeldung ausreichend. LMU Studierende anderer Studiengänge müssen sich zusätzlich in LSF für die Vorlesung und Übung anmelden. Hierbei ist keine Priorisierung innerhalb der Module nötig oder sinnvoll. Studierende sollten sich für je eine Veranstaltung pro Modul und die passende Übung anmelden.
Die Vorlesung wird über Moodle organisiert. Nach Anmeldung erhalten Sie zeitnah den Einschreibeschlüssel für die Moodle-Vorlesungsseite. Alle weiteren Informationen und Materialien erhalten Sie per Moodle.
Die Vorlesung beginnt am Dienstag, den 14.04.2026, um 10 c.t.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Prof. Dr. Caroline Friedel

Umfang und Hörerkreis:

4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik

Zeit und Ort:

Di	10ct–12	10-12	Geschw.-Scholl-Pl. 1 (M) / M 109
Mi	10ct–12	10-12	Geschw.-Scholl-Pl. 1 (M) / M 109

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung

Assistenten:

Tutorinnen: Helena Melcher, Elena Kraus, Elizabeth Lochert

Übungstermine: Von den angegebenen Terminen wird entweder Gruppe 1 und 2 oder Gruppe 2 und 3 stattfinden abhängig von den Anmeldungen.

Gruppe 1	Mi	12–14	105	Amalienstr. 17
Gruppe 2	Mi	14–16	105	Amalienstr. 17
Gruppe 3	Mi	16–18	105	Amalienstr. 17

Voraussetzungen und Vorbereitungen

Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der ersten drei Semester.
Es wird empfohlen, bis zum Beginn des Moduls insbesondere den Stoff des Moduls (Grundlagen:) Algorithmen und Datenstrukturen sowie teilweise des Moduls Analysis (zum Thema Differentiation und Integration) aufzufrischen.

Inhalt der Vorlesung

Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

Entwurf und Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment

Modulprüfung

Hinweise zur Modulprüfung werden in der ersten Vorlesung am 14.04.2026 gegeben.

Literatur zur Vorlesung

S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen: Computational Molecular Biology - An Introduction, Wiley, 2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman: Computational Genome Analysis, Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson: Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2009.
N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.
J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
W.-K. Sung: Algorithms in Bioinformatiks: A Practical Introduction, CRC Press, 2010.
M.S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and Genomes, Chapman and Hall, 1995.