Im Praktikum werden Bioinformatik-Anwendungsprogramme, Infrastruktur- und
Programmierwerkzeuge zu einer Basisarbeitsumgebung für die
Bioinformatik integriert. Dabei werden Basiskenntnisse in allen drei
Bereichen
- Bioinformatikanwendungen
- Betriebssystem, Web, Datenbanken, Skripting, und
- Programmierung
vermittelt und eingesetzt. Als Bioinformatik Anwendungungsprogramme
werden Tools wie Blast, Fasta, Rasmol, ... verwendet. Einige neue Tools
der Arbeitsumgebung werden im Praktikum in Java oder Perl implementiert.
Die Programme werden über eine Webschnittstelle angesprochen und die
Ergebnisse der Programme ebenfalls per Webbrowser visualisiert.
Zur Implementierung und Integration werden Perl und Java unter Linux,
MySql und HTML/XML eingesetzt.