Algorithmen auf Sequenzen Algorithms on Sequences
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Aktuelle Hinweise
Das Modul findet
in Form digitaler Lehre statt.
Die Wiederholungsklausur ist korrigiert und die Ergebnisse sind an
das jeweilige Prüfungsamt übermittelt.
Die Noten können dort in Kürze eingesehen werden.
Ein Termin zur Einsicht kann individuell vereinbart werden.
Die aktuelle Version 8.28 vom 07.02.21 des
Skripts
ist verfügbar.
Die vollständige Version 7.32 vom 17.02.19 des
Skripts
ist verfügbar.
Alte Hinweise
Die Wiederholungsklausur fand am Donnerstag, den 29.04.21
um 9 Uhr c.t. statt.verbindliche Anmeldung bis zum
Mittwoch, den 14. April um 12 Uhr erforderlich.
Bitte die Anmeldung zur Semestralklausur über
TUMonline nicht vergessen! (nur für Bioinformatiker)Die Semstralklausur ist korrigiert und die Ergebnisse sind an
das jeweilige Prüfungsamt übermittelt.
Die Noten können dort in Kürze eingesehen werden.
Ein Termin zur Einsicht kann individuell vereinbart werden.
Die Semestrallausur fand am Donnerstag, den 25.02.21
um 14 Uhr c.t. statt.verbindliche Anmeldung bis zum
Mittwoch, den 10. Februar um 12 Uhr erforderlich.
Für die Teilnahme am Modul und an der Modulprüfung ist
eine Anmeldung 26. Oktober 2020 sowie die Anmelduung
am zugehörigen Moodle-Kurs erforderlich.
Organisatorische und administrative Details werden in der ersten
Übung am 3. November um 12 Uhr s.t. per
Videokonferenz besprochen.
Die Zugangsdaten werden den Angemeldeten per E-Mail mitgeteilt.
Es wird dringend
empfohlen, sich bereits in der vorlesungsfreien Zeit inhaltlich
auf die Vorlesung vorzubereiten, für Details hierzu
siehe Voraussetzungen und Vorbereitungen .
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct–12 digitale Lehre Do 10ct–12 digitale Lehre
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistentin:
Volker Heun
Di
12st–14
per Videokonferenz
Material
Das Skript
wird im Laufe der Vorlesung aktualisiert.
Weiteres Material ist im zughörigen
Moodle-Kurs
und in LMUcast (im Moodle-Kurs verlinkt) zur Verfügung gestellt.
Voraussetzungen und Vorbereitungen
Voraussetzungen:
Stoff des Bioinformatik- bzw. Informatik-Grundstudiums. Der
erfolgreiche Besuch der Veranstaltung Algorithmische
Bioinformatik I und II ist empfehlenswert.
Vorbereitungen:
Es wird dringend empfohlen, bereits vor Vorlesungsbeginn die Inhalte
von Algorithmische Bioinformatik I und II
(insbesondere zu Suffix-Bäumen und Approximierbarkeit),
[Grundlagen:] Algorithmen und Datenstrukturen
sowie Formale Sprachen und Komplexität/Theoretische Informatik
(insbesondere zur NP-Vollständigkeit) zu wiederholen.
Inhalt der Vorlesung
Lernergebnis:
Die Teilnehmer sind in der Lage Problemstellungen auf Sequenzen für
einen algorithmischen Zugang zu modellieren, die algorithmische
Komplexität des Problems zu bestimmen und einzuordnen, Algorithmen
für die Lösung zu entwerfen und zu analysieren.
Themen:
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Optimal Scoring Subsequences
Suffix Trees Revisited
Repeats
Interludium: LCA-Queries und RMQ
Suffix Arrays
Genome Rearrangements
Eine aktuelle Inhaltsangabe wird im Laufe der
Vorlesung zur Verfügung gestellt.
Modulprüfung
F|ur Details zur Modulprüfung siehe Informationsblatt 2.
Die Semestralklausur findet am Donneratsg, den 25. Februar 2021,
von 14>15 bis etwa 16:30 Uhr im Hörsaal B139 in der
Theresienstr. 39 statt.
Für die Teilnahme an der Modulprüfung ist eine
Anmeldung 26.10.2020
sowie die Anmelduung am zugehörigen Moodle-Kurs erforderlich.
Des Weiteren ist eine
Anmeldung zur Klausur 10.02.2021 um 12| Uhr erforderlich.
Informationsblätter
Übungsblätter
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette:
Combinatorics of Genome Rearrangements , MIT Press, 2009.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2015.
S. Kurtz:
Lecture
Notes for Foundations of Sequence Analysis
V. Mäkinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A.I. Tomescu:
Genome-Scale Algorithm Design: Biological Sequence Analysis in
the Era of High-Throughput Sequencing ,
Cambridge University Press, 2015
E. Ohlebusch:
Bioinformatics Algorithms ,
Oldenbusch Verlag, 2013.
Sowie Originalliteratur (siehe Skript).
