Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik
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Master Praktikum NEAP

Master Practical Bioinformatics (12 ECTS) in the winter term WS 2020/21

Due to the Corona pandemic, the chair of Prof. Zimmer (in cooperation with inovex GmbH) offers various slots in the module 'master practical bioinformatics' for teams of up to four students on the following topic: Wegen der Corona-Pandemie werden am Lehrstuhl Zimmer (in Zusammenarbeit mit der inovex GmbH) im Modul 'Master-Praktikum Bioinformatik' für Studententeams mit bis zu vier Mitgliedern zu folgendem Themenbereich angeboten:

Precision Medicine: Personalized Adverse events and Interactions of Drugs (PAID) Präzisionsmedizin: Personalisierte Nebenwirkungen und Wechselwirkungen von Medikamenten (PAID)

Wenn Sie am Masterpraktikum im Winter semester 2020/21 interessiert sind, melden Sie sich bitte per e-mail bei Prof. Zimmer (ralf.zimmer@bio.ifi.lmu,de) oder besser per Registrierungsformular an. If you are interested iin the module this winter term, please register per e-mail at zimmer@bio.ifi.lmu,de or via the registration form.

 

Allgemeine InformationenGeneral Information
  • Credits und ArbeitsumfangCredits and work load: 12 ECTS / 10 SWS (10P/Block) = 360 working hours
  • Praktikumsleitung: Responsibility: Prof. Dr. Ralf Zimmer, Dr. Robert Pesch.
  • Erstes Treffen der Teilnehmer: Mon, 2.11.2020 12:00, A 406 First meeting of all participants: Mon, 2.11.2020 12:00, A 406
  • An intensive SCRUM-organized bioinformatics infra-structure course during the semester in teams of four members: work is mainly done in full work days (1 day (8h) / week x 15 weeks = 120 hours) during the lecturing time in so called ''team sprints'' (15 weeks until 12.2.2021), best in three days a week (360h). The sprints can also be organised as 2d/week (=240h) + block (ab 13.2.2021, 2 weeks = 120h).

    SCRUM is a well-established alternative method to organize project and project teams. Lots of literature is available on SCRUM. Ein intensiver SCRUM-organisierter Bioinformatik-Infrastrukturkurs während des Semesters in Teams von vier Mitgliedern: Die Arbeit wird hauptsächlich an ganzen Arbeitstagen (1 Tag (8h) / Woche x 15 Wochen = 120 Stunden), möglichst an 3 Tagen / Woche (360 h). während der Vorlesungszeit in sogenannten ''Team Sprints'' (15 Wochen bis 12.2.2021) geleistet. Die Sprints können im Team auch in 2 Tagen/Woche (=240h) + Block (ab 13.2.2021, 2 Wochen = 120h) organisiert werden.

    SCRUM ist eine etablierte alternative Methode zur Organisation von Projekt- und Projektteams. Zu SCRUM ist eine vielfältige Literatur verfügbar.

  • Raum: Hiwi-Räume Room: Hiwi-rooms + 406, Amalienstr. 17
    v.a. allerdings Heimarbeit und Zoom Meetings. but mainly home work and zoom meetings.
Thema/Beschreibung/InhaltTopic/Description/Contents
Precision Medicine: Personalized Adverse events and Interactions of Drugs (PAID) Präzisionsmedizin: Personalisierte Nebenwirkungen und Wechselwirkungen von Medikamenten (PAID)

Mission: In the master practical course (WS 2020/21) we develop a personalized information system for drug use, side effects and interactions. We try to leverage information from the FDA, European and national authorities together with (personalized) genomics data using state-of-the-art data management and data analytics tools to build a user-friendly mobile app. Mission: Im Master-Praktikum (WS 2020/21) entwickeln wir ein personalisiertes Informationssystem für Verwendung, Nebenwirkungen und Interaktionen von Medikamenten. Wir versuchen, Informationen der FDA sowie europäischer und nationaler Behörden zusammen mit (personalisierten) Genomikdaten unter Verwendung modernster Datenmanagement- und Datenanalyse-Tools zu nutzen, um eine benutzerfreundliche mobile App zu erstellen.

Supervisors: Prof. Dr. Ralf Zimmer and Dr. Robert Pesch (Data Management and Analytics, inovex GmbH, https://www.inovex.de) Betreuer: Prof. Dr. Ralf Zimmer und Dr. Robert Pesch (Datenmanagement und Analytik, inovex GmbH, https://www.inovex.de)

Robert studied bioinformatics (B.Sc.+M.Sc.) at FH Bonn-Rhein-Sieg in Sankt Augustin and did doctoral work in the IRTG RECESS at LMU Munich. He obtained his PhD from LMU Munich in 2016. He has several years of experience in data management and data analytics in industry and in teaching at LMU and TU Munich. Robert studierte Bioinformatik (B.Sc.+M.Sc.) an der FH Bonn-Rhein-Sieg in Sankt Augustin und promovierte im IRTG RECESS an der LMU München. Seinen Doktortitel an der LMU München erhielt er 2016. Er verfügt über mehrjährige Erfahrung in Datenmanagement und Datenanalyse in der Industrie und in der Lehre an der LMU und TU München.

Teams: we plan for teams of 3-4 students, maybe up to six participants. Two or more teams are also possible. We will use agile project management with SCRUM. Teams: wir planen für Teams von 3-4 Studierenden, vielleicht bis zu sechs Teilnehmern. Auch zwei oder mehr Teams sind möglich. Wir werden agiles Projektmanagement mit SCRUM einsetzen.

Tools: JIRA (Tracking of tasks and milestones), GIT (Programm code and CI/CD-Pipelines), Confluence/Wiki (Documentation), Slack, Google Meet/Zoom for online meetings. Tools: JIRA (Verfolgung von Aufgaben und Meilensteinen), GIT (Programmcode und CI/CD-Pipelines), Confluence/Wiki (Dokumentation), Slack, Google Meet/Zoom für Online-Meetings.

Programming/Frameworks: Python, NLP-Libs (NLTK, spaCy, doccano, Label Studio, PyTorch-NLP) Flask, Web-Framework (e.g. vue.js, bootstrap, react, flutter), scalable database (e.g. NoSQL database, Elasticsearch), Google Cloud, Docker/podman Programmierung/Frameworks: Python, NLP-Libs (NLTK, spaCy, doccano, Label Studio, PyTorch-NLP) Flask, Web-Framework (z.B. vue.js, bootstrap, react, flutter), skalierbare Datenbank (z.B. NoSQL-Datenbank, Elasticsearch), Google Cloud, Docker/podman

Work plan: Arbeitsplan:

  1. PAID Server + GUI
    1. Infrastructure (Google Cloud, CI/CD, database, containering, Cloud-Agnostic; safety, scalability), Infrastruktur (Google Cloud, CI/CD, Datenbank, Containering, Cloud-Agnostic; Sicherheit, Skalierbarkeit),
    2. Software engineering: Tools (REST endpoint, frontend (Web-App, mobile app, annotation, expert tool) Softwaretechnik: Werkzeuge (REST-Endpunkt, Frontend (Web-App, mobile Anwendung, Annotation, Expertenwerkzeug)
  2. Data engineering: data extraction, curation, mapping (FDA, EMA, BfArM), PubMed, scalable database Data Engineering: Datenextraktion, Kuration, Mapping (FDA, EMA, BfArM), PubMed, skalierbare Datenbank
  3. Data science: NLP, NER and relation extraction, drugs, side effects, meta-data on patients. Genomic data (SNPs, CNVs, OMIM), embeddings, machine learning, deep learning Data Science: NLP, NER und Relationsextraktion, Medikamente, Nebenwirkungen, Metadaten zu Patienten, Genomische Daten (SNPs, CNVs, OMIM), Embeddings, maschinelles Lernen, Deep Learning

Schedule: The project runs during the winter term WS2020/21 starting 2.11.2020 with weekly SCRUM events. There will be a final SCRUM print after the semester to finish the minimal viable product (PAID server and PAID app). Zeitplan: Das Projekt läuft während des Wintersemesters WS2020/21 ab 2.11.2020 mit wöchentlichen SCRUM-Veranstaltungen. Nach dem Semester wird es einen endgültigen SCRUM-Ausdruck geben, um das 'minimal viable product' (PAID-Server und PAID-App) fertigzustellen.

Result/Deliverable: Running product including documentation, presentation of project, project report (publication). Ergebnis/Deliverable: Laufendes Produkt einschließlich Dokumentation, Projektpräsentation, Projektbericht (Publikation).

BetreuerCourse instructuors
VorkenntnissePrerequisites
  • Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)Bachelor Bioinformatics
  • Programmierpraktikum BioinformatikBioinformatics programming course
  • Praktikum Genomorientierte BioinformatikPractical Genome-oriented bioinformatics
  • Gute Programmierkenntnisse (Bachelor Level)Good programming skills (bachelor level)
Interne WebseiteInternal web page

Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht At the beginning of the semester all required material will be provided at the internal Webpage


Servicebereich

Informationen fürInformation for


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