Algorithmen auf SequenzenAlgorithms on Sequences

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Allgemeine Informationen

Dozent:

Caroline Friedel

Umfang und Hörerkreis:

4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik

Zeit und Ort:

Mo	10ct–12	Amalienstr. 17, 105
Mi	10ct–12	Amalienstr. 17, 105

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung

Assistenten: tba

12ct-14

Amalienstr. 17, 107

Voraussetzungen

Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums. Der erfolgreiche Besuch der Veranstaltung Algorithmische Bioinformatik I ist empfehlenswert.

Inhalt der Vorlesung

Lernergebnis: Die Teilnehmer sind in der Lage Problemstellungen auf Sequenzen für einen algorithmischen Zugang zu modellieren, die algorithmische Komplexitäat des Problems zu bestimnmen und einzuordnen, Algorithmen für die Lösung zu entwerfen und zu analysieren.

Themen: Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

Optimal Scoring Subsequences
Suffix-Trees Revisited
Repeats
Interludium: LCA-Queries und RMQ
Suffix-Arrays
Genome Rearrangements

Modulprüfung

Wird noch bekannt gegeben

Literatur zur Vorlesung

S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette: Combinatorics of Genome Rearrangements, MIT Press, 2009.
D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2015.
S. Kurtz: Lecture Notes for Foundations of Sequence Analysis, Chapter 4, 2001.
E. Ohlebusch: Bioinformatics Algorithms, Oldenbusch Verlag, 2013.
Sowie Originalliteratur (siehe Skript).