Praktikum Netzwerk- und Expressionsdaten-Analyse (SS2016, NEAP)Practical course Network and Expression data analysis (SS2016, NEAP)

Allgemeine InformationenGeneral Information

Raum:Room: A 406 + CIP-pool, Amalienstr. 17
Beginn und Einführung: Dienstag,Start and introduction: Tuesday, 19.04.2016 14:00, A 406
Zeit (während des Semesters): Dienstag (14-18) und Donnerstag (14-18) Date (during the semester): Tuesday (14:00-18:00) and Thursday (14:00-18:00)
Semesterferien: 2 Wochen BlockkursSemester break: 2 week block course 18.07.-29.07.2016 / 1.8.2016
UmfangCredits:: 10 SWS / 12 ECTS (10P/Block)

Interne WebseiteInternal web page

Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht At the beginning of the semester all required material will be provided at the interal Webpage (Interne Webseite)(Internal web page)

Thema/BeschreibungTopic/Description

Das Thema des Praktikums ist eine komplexe menschliche Krankheit: Atherosklerose (ein Hauptproblem von Kardio-vaskulären Krankheiten). Wesentliches Ziel ist die Entwicklung von kontext-spezifischen Netwzwerken für Mensch und Maus und deren Vergleich.

Im Praktikum wird ein Netzwerkmodell entwickelt um das verfügbare Wissen über die Krankheit in Form einheitlicher Petrinetze zusammenzufassen. Dazu werden Datenbank-Extraktions und Textmining Techniken eingesetzt, die in der Arbeitsgruppe entwickelt wurden. Die Methoden werden für den Anwendungsfall Atherosklerose geeignet weiterentwickelt bzw. neue Verfahren implementiert.

Zusätzlich werden ein 'Big Data Index' zur Sammlung aller relevanter Hochdurchsatzdaten zu Atherosklerose und ein Web-basiertes Tool für den Zugriff, die Suche und die Indizierung dieser Datensätze entwickelt.

Die entwickelten Netzwerke (Atheronetwork) und Datenindices (Atheroindex) sollen in Forschungsprojekten zusammen mit Medizinern genutzt werden können, um neue Hochdurchsatzdaten zu Atherosklerose interpretieren zu können.

Das beinhaltet u.A. NGS Datensätze wie RNA-seq und SRNA-seq, Mikroarray, miRNA und Proteomics/Massenspektrometrie Datensätze. The topic of the course is a certain disease model: Atheorsclerosis (the main problem in cardio-vascular diseases).

In the course, we will derive network models to compile all available knowledge about the disease in the form of unified networks (Petri nets). For this we will employ database extraction and text mining using tools developed in the group. Methods for the application case Atherosclerosis will be improved and new methods will be implemented.

In addition, we will develop a 'big data index' compiling all the high-throughput data sets relevant for atherosclerosis and develop a web-based tool to access, search and index these datasets.

The resulting network (Atheronetwork) and data index (Atheroindex) should be usable in reaserach projects on Atherosclerosis together with medical groups to interpret their datasets.

This will in particular include NGS data sets such as RNA-seq and sRNA-seq, microarray, miRNA and proteomics/mass spec data sets.

OrganisationCourse structure

Das Praktikum besteht aus drei Teilen: The course has three parts:

Seminar und MethodenSeminar and methods
Implementierung eines neuen AnsatzesImplementation of a novel approach
Anwendung auf aktuelle Daten und Schreiben eines Manuskripts Application to current data and writing of manuscript

Achtung: Um den einführenden Teil zu beschleunigen finden ggfs. Seminar-Vorträge am Di und Do statt. Please note: During the seminar part, talks might take place on tuesday and thursday to speed up the basic introduction

BetreuerCourse instructuors

VorkenntnissePrerequisites

Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)Bachelor Bioinformatics
Programmierpraktikum BioinformatikBioinformatics programming course
Praktikum Genomorientierte BioinformatikPractical Genome-oriented bioinformatics

Gute Programmierkenntnisse in Java unter Linux sind notwendig. Das Praktikum wird in Kleingruppen von 3-4 Studenten durchgeführt. Good programming skills in Java under Linux will be required. The practical course will be performed in small groups of 3-4 students.

Kriterien für den ScheinerwerbCriteria for the credits