Hauptseminar Bioinformatik [Heun]Seminar Bioinformatics [Heun]

Aktuelle Hinweise

Die Seite befindet sich noch im Aufbau und alle Angaben sind noch vorläufig.
Die Vortragstermine stehen jetzt fest, die Vorbesprechungstermine sind noch vorläufig und können sich noch verschieben.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Volker Heun

Zeit und Ort:

12-14

Amalienstr. 17, A107

Themen

Thema des Hauptseminars sind so genannte succincte Datenstrukturen und ihre Anwendungen. Succincte Datenstrukturen sind besonders platzeffiziente Datenstrukturen, die mit einem geringem Platzbedarfs nahe des informationstheoretischen Minimums auskommen. Hier werden einige solche Datenstrukturen und deren sinnvoller gemeinsamer Einsatz vorgestellt, wobei die Komponenten des Extended Suffix Arrays einen breiteren Raum einnehmen werden. Die genauen Themen und die Literaturliste werden noch erstellt.

Termine

Mit Vorbesprechung ist in der folgenden Terminliste der letztmögliche Termin für die Vorbesprechung gemeint. Wer sich bis dahin nicht mit seinem Betreuer in Verbindung gesetzt hat, kann keinen Vortrag mehr halten.

21.07.16	Volker Heun Kickoff
17.10.16	Volker Heun Einführungsveranstaltung
31.10.16	Leo Grupa Thema (1): Suffix Arrays: Grundlagen Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 17.10.16 um 11:00
07.11.16	Julian Sturm Thema (2): Suffix Arrays: Algorithmus von Kärkkäinen, Sanders und Burkhardt Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 24.10.16, 12:15
14.11.16	Luca Deininger Thema (3): Suffix Arrays: Algorithmus von Ko und Aluru Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 31.10.16, 11:00
21.11.16	Ertida Muka Thema (4): Suffix Arrays: SAIS-Algorithmus Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 07.11.16, nach dem Seminar
28.11.16	Robin Becker Thema (5): Platzsparende Datenstrukturen für Bitvektoren Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 14.11.16, nach dem Seminar
05.12.16	entfällt Thema (6): Platzsparende Datenstrukturen: Range Minimum Queries
12.12.16	Ron Fechtner Thema (7): Platzsparende Datenstrukturen: Longest Common Prefixes und Extended Suffix Arrays Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 28.11.16, 11:00
12/16&01/17	Weihnachten/Neujahr/Heilige Drei Könige
16.01.17	Dennis Post Thema (8): Kompression: Burrows-Wheeler-Transformation und Entropie von Texten Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 12.12.16, nach dem Seminar
23.01.17	Paul Hager Thema (9): Indizierung ohne Text: Der FM-Index Betreuer: Volker Heun. Vorbesprechung: 09.01.17, 12:15
30.01.17	Christian Beutel Thema (10): Affix Arrays Betreuer: Volker Heun. Vorbesprechung: 16.01.17, 11:00
06.02.17	Abschlussbesprechung

Literatur

Detaillierte Themenliste mit Literaturangaben
Die Ausarbeitungen sind unter Interna verfügbar.

Hinweise

Allgemeine Hinweise des Veranstaltungsleiters zu Seminaren. Es wird dringend empfohlen diese zu lesen und zu beachten.
Ian Parberry's Speaker's Guide (Hinweise zum Halten von wissenschaftlichen Vorträgen, insbesondere in der theoretischen Informatik).
Es empfielt sich die Ausarbeitung in LaTeX zu setzen, da dies eigentlich das einzige bekannte Satzsystem ist, mit dem man auch größere Texte und insbesondere mathematische Formeln bequem handhaben kann. Hierfür gibt es ein Beispiel und die dazugehörige LaTeX-Datei, die weitere Informationen enthält (Die folgende PostScript-Datei wird zur Demonstration ebenfalls benötigt).