Algorithmen auf Sequenzen Algorithms on Sequences
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Aktuelle Hinweise
(20.2.2017) Die Klausur ist fertig korrigiert. Die Klausurergebnisse sind hier zu finden.
(1.2.2017) Die Klausur findet am Mittwoch, den 8.2.2017, von 12-14 Uhr in Raum A 105 in der Amalienstr. 17 statt.
(23.01.2017) Für die Teilnahme an der Klausur war eine Anmeldung bis zum 29.01.2017 nötig. Bioinformatik-Studenten melden sich bitte zusätzlich über TUMOnline an. Dies ist nötig, damit die Noten verbucht werden können, aber reicht nicht aus für die Teilnahme an der Klausur.
(25.01.2017) Die Vorlesung am Montag, 30.1.2017, fängt ausnahmsweise schon um 12:00 (s.t.) an.
(5.12.16) Am Montag, den 19.12.16, findet keine Vorlesung statt. Die Vorlesung und Übung am Mittwoch, den 21.12.2016, finden statt.
Die Übung beginnt ab sofort um 12 Uhr s.t. (also 12:00).
Die Vorlesung beginnt am Mittwoch, den 19.10.2016. Die Übung beginnt am Mittwoch, den 2.11.2016.
Eine Anmeldung zur Vorlesung und den
Übungen ist bis zum Montag, den 24. Oktober
erforderlich.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Caroline Friedel Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Mo 12ct–14 Amalienstr. 17, 105 Mi 10ct–12 Amalienstr. 17, 105
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:
Michael Kluge
Marie-Sophie Friedl
Material
Die Folien zur Vorlesung sind hier zu finden
Das bestehende Skript von Prof. Heun
ist hier zu finden.
Voraussetzungen
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums. Der erfolgreiche Besuch
der Veranstaltung Algorithmische Bioinformatik I ist
empfehlenswert.
Inhalt der Vorlesung
Lernergebnis:
Die Teilnehmer sind in der Lage Problemstellungen auf Sequenzen für einen
algorithmischen Zugang zu modellieren, die algorithmische Komplexitäat des
Problems zu bestimnmen und einzuordnen, Algorithmen für die Lösung zu
entwerfen und zu analysieren.
Themen:
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Optimal Scoring Subsequences
Suffix-Trees Revisited
Repeats
Interludium: LCA-Queries und RMQ
Suffix-Arrays
Genome Rearrangements
Modulprüfung
Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt. Die Klausur findet am Mittwoch, den 8.2.2016, von 12-14 Uhr im Hörsaal E 216 im Hauptgebäude statt.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen
bis 26.10.2016 anmelden.
Übungsblätter
Übungsblatt Abgabe bis
Übungsblatt 1 Montag, 31.10.16
Übungsblatt 2 Dienstag, 08.11.16
Übungsblatt 3 Dienstag, 15.11.16
Übungsblatt 4 Dienstag, 22.11.16
Übungsblatt 5 Dienstag, 29.11.16
Übungsblatt 6 Dienstag, 06.12.16
Übungsblatt 7 Dienstag, 13.12.16
Übungsblatt 8 Dienstag, 20.12.16
Übungsblatt 8 Dienstag, 20.12.16
Übungsblatt 9 Dienstag, 10.01.17
Übungsblatt 10 Dienstag, 17.01.17
Übungsblatt 11 Dienstag, 24.01.17
Übungsblatt 12 Dienstag, 30.01.17
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette:
Combinatorics of Genome Rearrangements , MIT Press, 2009.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2015.
S. Kurtz:
Lecture
Notes for Foundations of Sequence Analysis
E. Ohlebusch:
Bioinformatics Algorithms ,
Oldenbusch Verlag, 2013.
Sowie Originalliteratur (siehe Skript).
