Algorithmen auf Sequenzen Algorithms on Sequences
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Aktuelle Hinweise
Achtung: In Vorlesung und Übung gilt die Pflicht zu einer medizinischen Maske (OP oder FFP2) auch am Platz!
Zur Teilnahme an den Vorlesungen ist eine Anmeldung zur Vorlesung und den
Übungen bis zum Sonntag, den 23.10.2022, erforderlich.
Die Vorlesung wird über Moodle organisiert. Nach der Anmeldung erhalten Sie innerhalb ein paar Tagen den Einschreibeschlüssel (spätestens 17.10., wenn sie sich davor angemeldet haben, sonst spätestens 24.10.)
Die Vorlesung beginnt am Montag, den 17.10.2022. Die Übung beginnt am Montag, den 31.10.2022.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Caroline Friedel
Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Mo 10ct–12 Amalienstr. 17, 105
Mi 10ct–12 Amalienstr. 17, 105
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:
Elena Weiss
Mo
14ct-16
Amalienstr. 17, 105
Voraussetzungen
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums. Der erfolgreiche Besuch
der Veranstaltung Algorithmische Bioinformatik I ist
empfehlenswert.
Inhalt der Vorlesung
Lernergebnis:
Die Teilnehmer sind in der Lage Problemstellungen auf Sequenzen für einen
algorithmischen Zugang zu modellieren, die algorithmische Komplexitäat des
Problems zu bestimnmen und einzuordnen, Algorithmen für die Lösung zu
entwerfen und zu analysieren.
Themen:
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Optimal Scoring Subsequences
Suffix-Trees Revisited
Repeats
Interludium: LCA-Queries und RMQ
Suffix-Arrays
Genome Rearrangements
Modulprüfung
Wird noch bekannt gegeben
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette:
Combinatorics of Genome Rearrangements , MIT Press, 2009.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2015.
S. Kurtz:
Lecture
Notes for Foundations of Sequence Analysis , Chapter 4,
2001.
E. Ohlebusch:
Bioinformatics Algorithms ,
Oldenbusch Verlag, 2013.
Sowie Originalliteratur (siehe Skript).