Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik
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Master Praktikum I (Atherosclerosis, Cancer)

Methods for the analysis of complex diseases: Atherosclerosis or Cancer

Wenn Sie am Masterpraktikum im Smmersemester 2021 interessiert sind, melden Sie sich bitte per e-mail bei Prof. Zimmer (ralf.zimmer@bio.ifi.lmu,de) oder besser per Registrierungsformular an. If you are interested iin the module this winter term, please register per e-mail at zimmer@bio.ifi.lmu,de or via the registration form.

The Kickoff Meeting will take place
TBA
(can be negotiated with participants). In this meeting we will assign projects and teams and discuss the schedule of the practical do course. We plan to do the course during the semester, followed by a block phase of about two weeks after the teaching period of the semester. Scheduling is quite flexible and can be fixed individually for the teams. The teams work out the project aim and draft a scientific paper describing the project result. The course ends with the presentation day and hopefully with submitted the respective paper draft to a journal.
Das Kickoff Meeting findet statt am
TBA
(kann noch mit den angemeldeten Teilnehmern ausgehandelt werden). Bei diesem Treffen werden wir Projekte und Teams zuweisen und den Zeitplan des Praktikums besprechen. Wir planen, den Kurs während des Semesters durchzuführen, gefolgt von einer Blockphase von etwa zwei Wochen nach der Vorlesungszeit des Semesters. Der Zeitplan ist recht flexibel und kann individuell für die Teams festgelegt werden. Die Teams arbeiten das Projektziel aus und verfassen eine wissenschaftliche Arbeit, die die Projektergebnisse beschreibt. Der Kurs endet mit dem Präsentationstag und hoffentlich mit der Einreichung des jeweiligen Papierentwurfs bei einer Zeitschrift.

BetreuerCourse instructuors
Allgemeine InformationenGeneral Information
  1. Credits und ArbeitsumfangCredits and work load: 12 ECTS / 10 SWS (10P/Block) = 360 working hours
  2. Zeit (während des Semesters): Date (during the semester): Tue + Thu 13-18h: ~150h
  3. Zeit (Block): Date (block phase): 3 weeks: ~150h
  4. Raum: Hiwi-Räume Room: Hiwi-rooms + 406 Amalienstr. 17
  5. Betreuer:Supervisors: Prof. Dr. Ralf Zimmer,   Dr. Gergely Csaba, Markus Joppich
Thema/Beschreibung/InhaltTopic/Description/Contents
Im Sommersemester 2020 bieten wir zwei Themen für Masterpraktika an. Beide Themen sind offen für ein oder mehrere Teams von jeweils 2-4 Studierenden.
  1. Atherosklerose: 3D indiziertes Modell für atherosklerotische Plaque
    (in Zusammenarbeit mit dem SFB1123 [1] der medizinischen Fakultät der LMU).
  2. Betreuer:
    Markus Joppich, (Gergely Csaba), Ralf Zimmer

    Ein heterogener Datensatz von (Sequenzierungs- und Massenspektren-) Hochdurchsatzdaten wird interpretiert und zusammen mit hochauflösenden Mikroskopiedaten in ein interaktives Modell integriert.

    Ziele und Lernziele:
    ein Software-Modell [2] zur interaktiven Interpretation und Visualisierung von Hochdurchsatz-Datensätzen und dessen Anwendung auf die Atheroskleroseforschung als Beispiel. Die Teilnehmer können Massenspektren- und Sequenzierungsdaten interpretieren und in ein gemeinsames Modell integrieren, um biologische und biomedizinische Hypothesen und Experimente zu interpretieren. Die Arbeit wird in einer Präsentation und einer wissenschaftlichen Arbeit zusammengefasst (die zur Begutachtung bei einer Zeitschrift eingereicht werden soll).

    Voraussetzungen:
    Bachelor Bioinformatik, insbesondere erfolgreicher Abschluss des GoBi-Moduls. Gute Programmierkenntnisse (Java und/oder Python). Interesse an Datenvisualisierung und komplexen menschlichen Krankheiten. Kenntnisse in Bildverarbeitung und -analyse sind von Vorteil (können auch im Praktikum erlernt werden).

  3. Krebserkrankungen: Splicing, alternativ oder nicht alternativ?
  4. Betreuer:
    Gergely Csaba, Constantin Ammar, Ralf Zimmer

    Eine neue Methode zur Quantifizierung von Expression (EmpireS [3-5]) wird eingesetzt, um eine (alternative) Splicing Map für Krebs zu erstellen. Alternatives Spleißen wird in beiden transkriptomischen (TCGA) proteomischen (CPTAC) Datensätzen identifiziert, um potenzielle Spleiß-Isoformen für komplexe menschliche Erkrankungen zu finden.

    Ziele und Lernziele:
    für bestimmte Krebsarten wird eine umfassende Karte alternativer Spleiß-Isoformen auf mRNA- und Proteinebene erstellt, wobei der Schwerpunkt auf neuartigen Isoformen liegt. Die Vorhersagen werden mit konkurrierenden Ansätzen verglichen. Die Teilnehmer können Spleißvarianten in Transkriptom- und Proteomdaten identifizieren und in einer benutzerfreundlichen Datenbank präsentieren. Neuartige Varianten werden biologisch annotiert.

    Voraussetzungen:
    Bachelor Bioinformatik, insbesondere erfolgreicher Abschluss des GoBi-Moduls. Gute Programmierkenntnisse (insbesondere eine Skriptsprache). Interesse an Datenanalyse und Visualisierung. Kenntnisse über Proteinfunktion und -vorhersage sind von Vorteil (können auch im Praktikum erlernt werden).

In the summer term 2021 we offer two topics for master practical courses. Both topics are open for one or more teams of 2-4 students each.
  1. Atherosclerosis: 3D indexed model for atherosclerotic plaque (in cooperation with the SFB1123 [1] at the medical faculty of the LMU).
  2. Supervisors:
    Markus Joppich, Ewgenija Zhdanovich, Evi Berchtold, Ralf Zimmer

    A heterogeneous data set of (sequencing and mass-spec) high-throughput data will be interpreted and integrated together with high-resolution microscopy data into an interactive model.

    Aims and Learning Goals:
    a software model [2] for interactive interpretation and visualization of high-throughput data sets and its application to atherosclerosis research as an example. Participants can interpret mass-spec and sequencing data and can integrate them into a joint model to interpret biological and biomedical hypotheses and experiments. The work will be summarized in presentation and a scientific paper (to be submitted to a journal for peer review)

    Prerequisites:
    Bachelor Bioinformatics, in particular successful completion of the GoBi module. Good programming skills (java and/or python). Interest in data visualization and complex human diseases. Knowledge on image processing and analysis is advantageous (can also be learned during the practical).

  3. Cancer: Splicing, alternative or not alternative?
  4. Supervisors:
    Armin Hadziahmetovich, Evi Berchtold, Ralf Zimmer

    A new expression quantification method (EmpireS [3-5]) will be employed to build a (alternative) splicing map for cancer. Alternative splicing will be detected in both transcriptomic (TCGA) proteomic (CPTAC) data sets to find potential splicing isoforms for complex human diseases.

    Aims and Learning Goal:
    for specific cancer types a comprehensive map of alternative splicing isoforms on mRNA and protein level is constructed with a focus on novel isoforms. The predictions are compared to competitive approaches. Participants can identify splice variants in transcriptome and proteome data and are able to present them in a user-friendly database. Novel variants will be biologically annotated.

    Prerequisites:
    Bachelor Bioinformatics, in particular successful completion of the GoBi module. Good programming skills (in particular a scripting language). Interest in data analysis and visualization. Knowledge on protein function and prediction is advantageous (can also be learned during the practical).

Struktur/Zeitablauf des PraktikumsStructure/Schedule
  • Feb/Mar 2021: Kickoff meeting and project assignment
  • Apr-Jul 2021: ~150-200h project and paper planning, project work, presentations and discussions
  • Aug-Sep 2021: ~200-150h block phase, project work, paper writing
  • Sep-Oct 2021: Final presentation and paper submission
    • Feb/Mar 2021: Kickoff meeting und Zuordnung der Projekte und Teams
    • Apr-Jul 2021: ~150-200h Projekt und Paper Planung, Projectarbeit, Zwischen-Präsentationen und Diskussionen
    • Aug-Sep 2021: ~200-150h Block Phase, Projektarbeit, Schreiben des Papers
    • Sep-Oct 2021: Abschlusspräsentation und Einreichen des Papers
VorkenntnissePrerequisites
  • Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)Bachelor Bioinformatics
  • Programmierpraktikum BioinformatikBioinformatics programming course
  • Praktikum Genomorientierte BioinformatikPractical Genome-oriented bioinformatics
  • Gute Programmierkenntnisse (Bachelor Level)Good programming skills (bachelor level)
Interne WebseiteInternal web page

Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht At the beginning of the semester all required material will be provided at the internal Webpage (NEAP2020 Interne Webseite)(NEAP2020 Internal web page)


Servicebereich

Informationen fürInformation for


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